Ne en 1982 a Hokkaido (Japon), Kenji Nakagi commence ses études musicales a l'âge de trois ans avec la Méthode Suzuki.
En 2001, il entre à l’Université national des beaux arts de Tokyo et étudie avec F.Kono et K.Mukouyama. Il devient lauréat de nombreux concours importants au Japon.
En 2003, il est reçu au Conservatoire de Paris (CNSMDP) dans la classe de Philippe Muller. Il obtient en 2005 le premier prix et le prix spécial de la Radio polonaise du Concours international Lutoslawski à Varsovie. La même année, il remporte le premier prix au seizième concours FLAME à Paris et se produit en récital à Salzbourg. Il remporte le premier grand prix et le prix spécial pour la meilleure interprétation de la Sonate de Debussy et de Messagesquisse de Boulez au premier concours international Note et Bien, consacré a la musique française en 2008.
En 2007, après avoir obtenu son diplôme de formation supérieure avec une mention très bien à l'unanimité avec félicitations du jury au prix de violoncelle, il intègre le cycle de perfectionnement du Conservatoire de Paris. Il travaille parallèlement avec Antonio Meneses depuis 2007.
Il a participé à de nombreuses master-classes, notamment l' « Accademia Musicale di Chigiana » à Sienne où il remporte le prix spécial de la « Banca Monte dei Paschi », les « Holland Music Sessions » et l'« Accademia Musicale di Cagliari ». Il est invité régulièrement à se produire dans plusieurs festivals et donne des récital en soliste et en musique de chambre en France, en Italie, aux Pays Bas et au Japon.